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1954年に創立した同楽団は、幅広い演奏レパートリーを持っている。　世界的に著名なドヴォルザーク、スメタナ、ヤナーチェック、マルチヌーらチェコ出身の作曲家の作品はもとより、ベートーヴェン、モーツァルト、シューベルト、ブラームス、シュトラウス、シューマン、シマノフスキ、ブルックナー、ブルッフ、レーガーなど偉大な作曲家や、シュトックハウゼン,　ケージ、 フェルドマン、ウルフ,　サトーら現代・近代の作品の演奏においても、多くの経験を積んでいる。
オーケストラの芸術性はその芳醇な、リッチでカラフルなサウンドと、音楽性と技術的な熟練度、スラヴの情熱と弦楽の柔らかさなどで彩られている。
彼らと共演した指揮者には　ヴァーツラフ・ノイマン、ヴァーツラフ・スメターチェク、イルジー・ビエロフラーヴェク、リボール・ぺセック、ズデネク・マカール、サー・チャールズ・マッケラス、アルヴィド・ヤンソンス、ウラジミール・フェドセーエフ、ゼルジュ・ボード、ロベルト・ベンツィ、ヘルムート・リリング、クリスティアン・アルミンクといった錚々たる面々が名を連ね、ソリストにはイヴァン・モラヴェツ, ヨゼフ・スーク、ヴァーツラフ・フデチェック、ムスティスラフ・ロストロポーヴィチ、ラザ-ル・ベルマン、アンドレ・ナヴァラ、ヤーノシュ・シュタルケル、ルドルフ・ケーラー、プラシド・ドミンゴ、ホセ・カレーラス、モンセラート・カバリエ、カティア・リチャレッリ、ダイアナ・ロスなどがいる。
ヤナーチェク・フィルハーモニー管弦楽団はほとんど全てのヨーロッパの国々で演奏を行い、そのなかの多くの国々から繰り返し招聘を受けている。　
さらにヨーロッパ以外では、アメリカ合衆国（1995）、日本（1999・2000・2003）、韓国（1992・2003）、台湾などで海外公演をおこなっている。